Перспективы клинического применения технологии OncoFinder

Российские ученые предложили уникальный биоинформатический инструмент для математического анализа внутриклеточных сигнальных путей под названием OncoFinder. Он поможет провести количественный анализ функциональных изменений внутри клетки и свести к минимуму ошибки экспериментальных приборов при работе с клетками злокачественных опухолей.

Тех­но­ло­гию раз­ра­бо­тала меж­ду­на­род­ная команда под руко­вод­ством рос­сий­ских специалистов, в раз­ра­ботке и вали­да­ции при­няли уча­стие более 50 уче­ных из раз­лич­ных орга­ни­за­ций, в том числе группы Ни­ко­лая Бо­ри­сова (ФМБА Рос­сии), Сер­гея Ру­мян­цева (ФНКЦ ДГОИ, МФТИ), А­лек­сандра А­ли­пера (МГУ), Ан­дрея Га­ража (МФТИ), Ми­ха­ила Кор­зин­кина (МИФИ), Ольги Ко­валь­чук (Аль­берта, Ка­нада), Чарльза Кан­тора (Бо­стон­ский У­ни­вер­си­тет), кол­лек­тива Чин­сонга Жу (У­ни­вер­си­тет Джонс Хоп­кинс), А­лек­сандра Жа­во­ронкова (ФНКЦ ДГОИ, МФТИ).

Алгоритм OncoFinder может считывать и обрабатывать большой объем внутриклеточных сигналов, которые определяют все основные процессы в клетке: рост, дифференцировку, пролиферацию, миграцию, жизнедеятельность, превращение в опухолевую клетку и клеточную смерть. На основе полученных данных OncoFinder дает количественную и качественную характеристику активации сигнальных путей и сравнивает эти показатели с нормой. Этот биоинформатический инструмент позволяет с большой точностью отслеживать любые функциональные изменения внутри клетки.

О возможности применения технологии в экспериментальной практике МЕД-инфо рассказывает научный консультант Николай Владимирович Жуков, заведующий отделением клинической онкологии ФГУ Федерального научно-клинического центра детской онкологии, гематологии и иммунологии, доцент кафедры онкологии, гематологии и лучевой терапии РНИМУ им. Н. И. Пирогова:

«Пока в практической деятельности врачей-онкологов по-прежнему используются валидированные методики (то есть доказавшие свою эффективность в рамках клинических испытаний), основанные на иммуногистохимических тестах и определении отдельных мутаций. И это правильно, так как любой тест, на основании которого принимается решение о назначении или изменении лечения, влияет на судьбу больного не меньше, чем само лечение. И, соответственно, эффективность этого теста должна быть абсолютно доказана.

Но за тестами, подобными OncoFinder, безусловно, будущее. Все дело в том, что используемые в настоящее время методики весьма неточны. Да, их возможность предсказывать эффективность или неэффективность лечения доказана, но далеко не идеальна: у многих больных, у которых по результатам применяющихся в настоящее время методик ожидается достижение противоопухолевого эффекта, на практике опухоль не реагирует на лечение. Это связано с тем, что применяемые сейчас тесты «механистичны»: они анализируют лишь один признак опухоли, на основании которого выдают ответ – лечение поможет или нет. Но жизнедеятельность опухоли гораздо сложнее, выявление «мишени» для какого-либо вида терапии не значит, что эта терапия обязательно будет эффективна. Даже при блокаде «мишени» (чаще всего сигнального пути клетки) может оказаться, что в клетке есть другие сигнальные пути, которые с успехом замещают заблокированный. И опухолевая клетка продолжает жить и размножаться, убивая организм больного, несмотря на, казалось бы, прицельное (по факту наличия мишени) назначение препарата.

В случае подтверждения эффективности методики она будет иметь поистине революционные последствия во многих областях медицины, связанных как с лечением больных, так и с разработкой новых препаратов для лечения и профилактики различных заболеваний

Методика же OncoFinder потенциально позволяет давать гораздо более точный прогноз, так как учитывает взаимодействие различных сигнальных путей: не только того, который планируется заблокировать, но и тех, которые могут взять на себя его функции. Кроме того, в отличие от генетических тестов, оценивающих «потенциал клетки» (то, что может быть задействовано в ее жизнедеятельности при реализации имеющейся в ней генетической информации), методика OncoFinder оценивает уже имеющиеся сигнальные пути (то, что реально активировано или инактивировано в клетке, что реально отвечает за происходящие в ней процессы и ответ на лечение).

Повторюсь, пока эти данные являются лишь предварительными, для выхода в широкую клиническую практику методика должна пройти процесс валидации, однако отрадно, что группа именно российских ученых столь далеко продвинулась в данной крайне перспективной области, имеющей огромный потенциал развития. В случае подтверждения эффективности методики она будет иметь поистине революционные последствия во многих областях медицины, связанных как с лечением больных, так и с разработкой новых препаратов для лечения и профилактики различных заболеваний. Разрабатываемый аналитический аппарат не является сугубо специфичным именно для онкологии, он может быть использован в любой области медицины, требующей понимания внутриклеточных процессов и влияния на них различных методов лекарственной терапии.

Фотография: из личного архива Н. В. Жукова